主角工藤新一原本是一位頗具名聲的高中生偵探，在目擊黑暗組織的地下交易後，正準備追蹤時卻被突襲擊昏，並被灌下代號為「APTX4869」（??????4869）的不明藥物。後來雖然倖免於死，但身體就此縮小為小學時期的模樣。之後他化名為江戶川柯南，在鄰居阿笠博士的建議下，寄住在女友毛利蘭的父親—偵探毛利小五郎家中，繼續秘密從事追查黑暗組織的工作，並私下探尋獲得解藥的管道，希望能夠恢復原來新一的樣貌。與此同時，柯南憑著自己的推理天份，配合阿笠博士為他發明的道具，幫助毛利小五郎成為出名的大偵探。故事內容當中穿插許多愛情、友情、犯罪、背叛、復仇等情節。
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